Otrzymana zaliczka powinna zostać przez przedsiębiorcę opodatkowana podatkiem od towarów i usług (VAT). W tym celu należy w terminie do 15 dnia następnego miesiąca wystawić fakturę zaliczkową dokumentującą otrzymaną zaliczkę. Należy pamiętać, że faktury zaliczkowej nie można wystawić wcześniej niż 30 dni przez datą otrzymania zaliczki.

O obowiązku wystawienia faktury zaliczki mówi art. 106b ust. 1 pkt 4 ustawy o VAT.

Fakturę zaliczkową dodaje się za pomocą funkcji „Nowy przychód” dostępnej pod Rejestrem przychodów w przycisku rozwijanym „Dodaj przychód” lub w Kokpicie (na stronie startowej serwisu) za pomocą przyciski „Dodaj nowy przychód”.

Po wybraniu funkcji zostanie uruchomiony kreator dodawania przychodu. W Kroku 1 kreatora należy wybrać Typ przychodu, czyli sposób zaksięgowania dokumentu w księgach rachunkowych, a następnie z listy Typów dokumentów należy wybrać Fakturę zaliczkową.

Typ dokumentu faktura zaliczkowa nie występuje we wszystkich Typach przychodu, ponieważ nie wszystkie rodzaje zdarzeń gospodarczych dopuszczają użycie zaliczki.

W Kroku 2 kreatora dodawania przychodu należy wypełnić formularz faktury zaliczki:

• aby uaktywnić wszystkie sekcje formularza należy podać nazwę kontrahenta, od którego otrzymaliśmy zaliczkę;
• jeśli w ramach tego samego Zamówienia były już wystawiane faktury zaliczkowe, należy wybrać je z listy dostępnej w sekcji Poprzednie faktury zaliczkowe;
• w sekcji Zaliczki do kwoty zaliczki należy doliczyć podatek VAT stosowny do produktów wymienionych w Zamówieniu, którego zaliczka dotyczy;
• w sekcji Zamówienie należy wpisać pozycje z zamówienia. Można to zrobić ręcznie lub skorzystać z możliwości importu pozycji z wystawionej wcześniej faktury proforma. Jeśli jest to kolejna zaliczka, to sekcja Zamówienie zostanie wypełniona automatycznie.

W systemie można wystawić wiele zaliczek do jednej transakcji, która w systemie określana jest jako Zamówienie. Zamówieniem może być wystawione w systemie faktura pro forma.

Kwota zaliczki nie jest opodatkowana podatkiem dochodowym, dlatego wystawiona faktura zaliczka będzie zarejestrowana tylko w Ewidencji VAT sprzedaży. Rozliczenie podatku dochodowego nastąpi po wystawieniu faktury końcowej, która ma za zadanie rozliczyć transakcje związane z całym Zamówieniem. Należy więc pamiętać o jej wystawieniu.